Po tym, jak świat ledwie uniknął destrukcji w wyniku "Największego, Najbardziej Okropnego i Najtragiczniejszego Wydarzenia w Dziejach Ludzkości", spowodowanego przez "Ostateczną Rozpacz", powołano "Fundację Przyszłości", która ma ochronić świat przed chaosem. Instytucja ta wprowadza w życie plany mające na celu przywrócenie normalnego porządku. Tymczasem Makoto Naegi jest podejrzewany o zdradę z powodu ochraniania tak zwanych "Pozostałości Rozpaczy", które mogą doprowadzić do tragedii. Wobec tego członkowie Fundacji spotykają się, ponieważ muszą zadecydować o karze czekającej Naegiego, by ostatecznie raz jeszcze dać się uwięzić i wplątać w chore rozgrywki Monokumy, ogłaszającego rozpoczęcie "Ostatecznego Zabijania". Jedyne, co pozostaje naszym bohaterom, aby uniknąć śmierci, to kolejna próba wytropienia zdrajcy i wykonanie na nim kary.