Kiedy Shirou Emiya, Rin Toosaka i Illyasviel von Einzbern odkrywają prawdziwą, niszczącą naturę cienia, który szalał w całym mieście, zdają sobie sprawę, jak tragiczna jest sytuacja. Aby chronić swoich ukochanych, grupa musi stawić czoła pozornie nie do pokonania siłom wroga – nawet jeśli niektórzy z tych wrogów byli kiedyś ich sojusznikami, a może czymś bardziej intymnym.
Gdy zaczyna się ostatni akt tej chaotycznej wojny, ideały, które według Shirou wkrótce zostaną zakwestionowane przez rozdzierający dylemat: czy naprawdę możliwe jest uratowanie świata, w którym wszystko poszło nie tak?
