Wojna o Świętego Graala: brutalna bitwa między magami, w której siedmiu mistrzów i ich przywołane sługi walczą o Świętego Graala, magiczny artefakt, który może spełnić każde życzenie zwycięzcy. Prawie 10 lat temu ostateczna bitwa Czwartej Wojny o Święty Graal siała spustoszenie w mieście Fuyuki i pochłonęła ponad 500 istnień ludzkich, pozostawiając miasto zdewastowane.
Shirou Emiya, który przeżył tę tragedię, aspiruje do zostania bohaterem sprawiedliwości, tak jak jego wybawca i przybrany ojciec, Kiritsugu Emiya. Pomimo tego, że jest tylko uczniem, Shirou zostaje wrzucony do Piątej Wojny o Święty Graal, kiedy przypadkowo widzi bitwę między sługami w szkole i przywołuje swojego własnego sługę, Sabre.
Kiedy tajemniczy cień rozpoczyna morderczy szał w mieście Fuyuki, Shirou sprzymierza się z Rinem Toosaką, innym uczestnikiem Wojny o Święty Graal, aby powstrzymać śmierć niezliczonych ludzi. Jednak uczucia Shirou do jego bliskiej przyjaciółki Sakury Matou prowadzą go głębiej w mroczne sekrety otaczające wojnę i zaangażowane w nią zwaśnione rodziny.
